定制siRNA合成

实验室定制siRNA合成

小干扰RNA或短干扰RNA（siRNA）是一类自然表达的RNA分子，属于细胞中非编码RNA（ncRNAs）家族的一员。它们是短的、双链的核酸，可以通过RNA干扰（RNAi）途径调节基因、RNA和蛋白质的功能。与miRNA不同，siRNA与几乎完全互补的序列结合，导致靶标的裂解而不是翻译抑制。

我们的团队已经基于客户的序列或客户要求设计的序列构建了一系列无忧的siRNA合成定制方案。合成的寡核苷酸可以满足所有需求，包括不同物种的siRNA、特定的剪接变体以及传递形式。

siRNA基于治疗的挑战

RNA基治疗是一种相对较新的基于RNA序列的药物类别，包括三大类RNA治疗：siRNA、RNA适配体和核酶。siRNA是RNAi的合成介质，是具有21-23碱基对（bp）长度的双链RNA（dsRNA）分子，专门设计用于沉默靶基因。这些寡核苷酸以短形式（21-23 bp）或长形式的dsRNA分子形式外源性引入细胞或生物体中。这些dsRNA在转化为细胞后被内源性RNAi机制处理。尽管siRNA基治疗在癌症中具有潜力，但仍存在许多挑战，如快速降解、非特异性作用、细胞摄取不良、效力、传递、免疫反应和毒性。

siRNA可以用于体内和体外研究单个基因功能，是一种吸引人的新型治疗工具，特别适用于治疗癌症和其他严重疾病中的难以药物靶向的目标。尽管siRNA制造存在许多挑战，但合理的设计策略、化学修饰、选择算法和纳米载体为克服这些问题提供了宝贵的机会。

我们为客户的沉默目的提供多规模数量的定制siRNA合成。当我们收到客户的siRNA序列时，专家将立即通过我们的设计工具对这些序列进行配置。所有定制的寡核苷酸都是根据严格的ISO标准合成和制造的，并经过HPLC和MS的质量控制（QC）检验，然后在RNase-free水中退火，通过凝胶进行双链分析。此外，最终的siRNA以冻干的颗粒形式运输，以确保在运输过程中的安全性和稳定性。

siRNA的合理设计

通过选择潜在活性、无毒的靶标抑制剂来执行siRNA骨架的选择。这涉及到对具有2-nt 3’突出的许多不同的21-mer siRNA进行化学合成。还必须考虑进入RNAi机制的不同水平的替代分子。siRNA的次级结构和核苷酸序列对其效力、特异性和非靶向效应产生影响。基于序列的信息分析，我们实验室制定了siRNA合理设计的几条规则。

1.每个3’端的2个核苷酸突出（通常为TT或UU）对于识别siRNA相当重要。

2.正常情况下，序列的GC含量应在30%至70%之间，它决定了siRNA的热力学稳定性。

3.为了避免核苷酸序列被调节蛋白和外显子-外显子连接所占用，靶标序列通常位于起始密码子下游75-100个碱基处。

4.在特定位置包含或排除特定的核苷酸（例如，位置1处的G/C，位置10和19处的A/U），对设计的siRNA的效力和特异性相当重要。

我们为客户提供全方位的定制siRNA合成，包括各种荧光标记和其他修饰。目前，我们的骨架和碱基修饰包括氨基连接物、硫连接物、生物素、dabcyl、磷酸盐等。如果需要特殊的修饰，请与我们的技术专家联系。

5’ 氨基

3’ 氨基

3’ TAMRA

5’ 生物素

3’ 生物素

3’ 巯基

5’ 荧光素

3’ 胆固醇

内部2’-OMe

5’ 磷酸化

3’ DABCYL

内部脱氧碱基

5’ TAMRA

3’ 荧光素

内部肌苷

5’ 巯基

3’ PEG 2000

 

5’ PEG 2000

3’ 磷酸化

 

同时，我们提供的荧光标记包括荧光素、罗丹明、Cyanine3（Cy3）、Cyanine5（Cy5）、Cyanine 570（Cy570）、Cyanine 670（Cy670）等。它们具有出色的性能，并可以直接替代一些常见的染料。定制的siRNA可以在sense链的3’端或5’端进行标记，这些标记不会影响siRNA的生物活性。

产品处理选项

1.HPLC纯化：siRNA经过纯化、去保护、双链化和脱盐处理后发货。在重新悬浮后，它们可以立即使用。定制合成的体内siRNA具有最高的质量，纯度达到97%。

2.去盐单链：siRNA以去保护、去盐的单链形式发货，分装在单独的管中。这些寡核苷酸在重新悬浮后可以立即使用。

3.去盐双链：siRNA以去保护和去盐的双链形式发货，分装在一个管中。这些寡核苷酸在重新悬浮后可以立即使用。

4.适用于体内的siRNA：siRNA的纯度至少为90%。它们经过额外的处理，包括离子交换（Na+），无菌过滤，透析和对动物的内毒素测试。

需识别的项目

亮点

  • 1.全基因组覆盖：针对人类、小鼠、大鼠和其他多种物种。

  • 2.多种合成、纯化、修饰和标记选项，适用于特殊siRNA。

  • 3.我们的siRNA产品提供单链或双链格式。

  • 4.通过优化工作流程，将构建工作留给我们的专家，从而提高效率并节省时间。

  • 5.我们还提供针对各种靶点的高特异性现成siRNA产品。2ʹ-O-甲基（2’-OMe）、2ʹ-脱氧-2ʹ-氟（2’-F）、2’-O-甲氧乙基（2’-MOE）和锁定核酸（LNA）修饰是可使用的。

由于siRNA可以以特定序列的方式有效地沉默目标基因的表达，它们成为研究单个基因作用机制的不可或缺的工具。通过专有的合成和纯化过程，我们实验室具有快速的周转时间和高通量能力，可以定制siRNA，并在经过严格的质量控制后立即使用。特别是，我们的合成平台可以生产高纯度的siRNA，数量多样（纳摩尔级），并提供各种尺寸、修饰和纯化的组合，方便订购。